Les recherches de l’HIOH dans le monde

Renforcer la surveillance des maladies zoonotiques en Afrique

Le projet ZOOSURSY* associe recherche, diagnostic et renforcement des capacités afin d’améliorer la détection et l’évaluation des risques sanitaires liés aux zoonoses en Afrique. Il est coordonné par l’Organisation mondiale de la santé animale (OMSA, WOAH en anglais) et financé par l’Union européenne dans le cadre du partenariat entre l’Union européenne et l’Union africaine. Présent dans 17 pays africains, le projet vise à renforcer la surveillance et la détection précoce des maladies zoonotiques présentant un potentiel épidémique. Ses activités comprennent l’étude de la faune sauvage par des équipes interdisciplinaires et intersectorielles, le développement de nouvelles méthodes de diagnostic, la mise en place de systèmes de surveillance participative impliquant les communautés locales, ainsi que des formations et des mesures de renforcement des capacités.

L’HIOH est l’un des cinq partenaires européens du consortium scientifique. Nos recherches sont menées sur quatre sites, en étroite collaboration avec des institutions partenaires : dans le parc national de Kibale, en Ouganda, avec l’Université Makerere ; dans le parc national d’Amboseli, au Kenya, avec l’Institut Max-Planck d’anthropologie évolutive de Leipzig ; dans le parc national de Taï, en Côte d’Ivoire, avec le Centre suisse de recherches scientifiques (CSRS) et le Centre hospitalier universitaire de Bouaké (CHUB) ; et dans les aires protégées de Dzanga-Sangha, en République centrafricaine, avec l’Institut Pasteur de Bangui (IPB) et le WWF.

Dans le cadre de ces partenariats, la contribution de l’HIOH associe recherche de terrain, approches innovantes de surveillance — notamment l’analyse de l’ADN environnemental (ADNe) — et renforcement des capacités. Nous étudions la faune sauvage, les animaux d’élevage et des agents pathogènes zoonotiques prioritaires, tels que le virus mpox, les virus responsables de fièvres hémorragiques virales et l’agent responsable du charbon bactéridien (anthrax). Nous explorons également les relations écologiques et contribuons au développement des capacités de diagnostic sur place.

Nous soutenons par ailleurs les jeunes chercheurs et le développement des capacités de recherche locales. Dans le cadre de ZOOSURSY, l’HIOH et ses partenaires africains forment cinq doctorants et six étudiants de master. En associant les compétences en écologie, en médecine vétérinaire et en santé publique, le projet renforce durablement l’expertise scientifique et les capacités locales de surveillance, tout en favorisant la coopération entre les acteurs de la santé animale, de la santé humaine et de l’environnement.

Le projet ZOOSURSY se poursuit jusqu’en 2029. Les connaissances scientifiques produites et les capacités développées resteront utiles au-delà de la fin du projet et contribueront à mieux préparer les acteurs concernés aux risques sanitaires liés aux zoonoses.

* Titre complet du projet : Improving knowledge and management capacities to strengthen surveillance systems of priority emerging and re-emerging zoonotic diseases at the animal-human-environment interface – en français : Renforcer les connaissances et les capacités des systèmes de surveillance pour faire face aux maladies zoonotiques émergentes et réémergentes prioritaires à l'interface animal-humain-environnement

RESTAURER LES ÉCOSYSTÈMES POUR RÉDUIRE LES RISQUES DE MALADIES INFECTIEUSES ÉMERGENTES

Le projet RESTOREID*, financé par l’Union européenne, étudie comment les changements de biodiversité influencent l’émergence des maladies. Seize institutions partenaires de douze pays analysent les liens entre la biodiversité, la conception et la restauration des forêts et d’autres paysages, ainsi que la prévention des maladies. L’objectif est de produire des connaissances susceptibles de contribuer à des écosystèmes plus sains et de réduire le risque de transmission de maladies entre les animaux et les humains.

Dans ce cadre, l’HIOH se concentre sur l’amélioration des méthodes d’évaluation de la biodiversité. Nous appliquons ces outils dans le parc national de Taï, en Côte d’Ivoire, et dans le parc national de Kibale, en Ouganda, afin de mieux comprendre l’évolution des interfaces entre les humains, les animaux et leur environnement, ainsi que leurs effets sur la dynamique des maladies. Plus précisément, nous étudions si les mouches nécrophages peuvent servir d’échantillonneurs naturels pour détecter la diversité des espèces et des agents pathogènes dans différents écosystèmes.

Au contact des animaux et d’autres organismes, les mouches recueillent leur ADN (ADN environnemental ou ADNe). Elles peuvent ainsi servir d’outils d’échantillonnage naturels et permettre de mettre en évidence les associations entre hôtes et agents pathogènes, la diversité génomique des agents pathogènes, ainsi que leur répartition géographique et leur évolution dans le temps. Dans le cadre de RESTOREID, cette méthode est utilisée pour détecter les changements dans la diversité des espèces et des agents pathogènes associés à la restauration des écosystèmes, et pour déterminer ce que ces changements révèlent sur la santé et la résilience des écosystèmes.

* Titre complet du projet : Restoring Ecosystems to Stop the Threat of (Re-)Emerging Infectious Diseases – en français : Restaurer les écosystèmes pour faire face à la menace des maladies infectieuses émergentes ou réémergentes.

Surveillance One Health de la résistance aux antibiotiques en mer Baltique

La surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans une approche One Health nécessite des méthodes standardisées, interdisciplinaires et multinationales, prenant en compte les interactions entre la santé humaine, la santé animale et l’environnement. Plusieurs études antérieures ont décrit la présence de bactéries résistantes aux antimicrobiens, telles que des Enterobacterales et des Pseudomonadales multirésistantes, ainsi que de gènes de résistance dans certaines dimensions de l’approche One Health, notamment chez les animaux sauvages et dans l’environnement. Toutefois, peu d’études ont cherché à analyser de manière globale le rôle respectif des stations d’épuration, des eaux de surface et des oiseaux sauvages en tant que réservoirs interconnectés contribuant à la dissémination mondiale de la RAM et à son transfert potentiel à l’être humain.
Le projet BALTIC-AMR* étudie la présence de ces bactéries, de gènes de résistance aux antimicrobiens, de résistances chez les agents pathogènes d’origine hydrique et de résidus de substances dans les eaux et chez les oiseaux sauvages de la région de la mer Baltique. Pour ce faire, il réunit des experts des pays riverains. En exploitant les données relatives aux déplacements des oiseaux sauvages et en combinant la culture bactérienne avec des approches génomiques, la PCR quantitative (qPCR) et des méthodes phénotypiques, le projet vise à analyser des échantillons d’eau et de fientes d’oiseaux sauvages afin de caractériser en détail les bactéries multirésistantes, de retracer leurs sources microbiologiques, d’évaluer les taux de présence et le devenir des gènes de résistance aux antimicrobiens, et de mieux comprendre les facteurs contribuant à la propagation de la RAM, notamment les résidus d’antimicrobiens et de métaux lourds ainsi que les caractéristiques de résistance phénotypique.
En résumé, cette étude de validation de principe vise à montrer comment mettre en place une stratégie standardisée et fiable de surveillance environnementale de la RAM dans une approche One Health.

* Titre complet du projet : Standardized One Health surveillance of antibiotic residues and antibiotic and heavy metal resistance in Baltic water environments and wild birds – en français : Surveillance One Health standardisée des résidus d’antibiotiques et de la résistance aux antibiotiques et aux métaux lourds dans les milieux aquatiques de la mer Baltique et chez les oiseaux sauvages

L’ÉVOLUTION DES AGENTS PATHOGÈNES À L’ÈRE DU CONTRÔLE DES MALADIES

Les activités humaines ont influencé l’évolution des agents pathogènes au cours des deux derniers siècles. Des changements tels que la vaccination, la croissance démographique, l’urbanisation et la mobilité mondiale ont façonné leur propagation et leur adaptation, mais leurs effets à long terme restent encore mal compris.

Financé par le budget de base du groupe de recherche « Pathogen Evolution », ce projet vise à mieux comprendre ces évolutions en analysant des échantillons de matériel pathogène provenant de collections de musées et d’instituts de recherche. Nous intégrons des échantillons humains et animaux provenant de différentes périodes et régions. En mettant en relation les données du passé et du présent, nous cherchons à comprendre comment les agents pathogènes ont réagi aux changements majeurs et aux différentes interventions.