Bilan de la cohorte «One Health» en Côte d’Ivoire
HIOH a mené à bien sa toute première campagne de cohorte One Health. Initiative phare des Exploratoires One Health, cette « cohorte d’Une Seule Santé » a mobilisé plus de 1 000 participants dans neuf villages et n’a été possible que grâce à un travail d’équipe remarquable.
Après plus de deux ans de préparation et quatre mois de travail intensif sur le terrain, le HIOH a mené à bien sa toute première campagne de cohorte One Health en Côte d’Ivoire, dans le parc national de Taï et ses environs. Coordonnée par le groupe de recherche “One Health Surveillance” du HIOH, cette initiative a réuni des experts en santé humaine, animale et environnementale dans le cadre de l’effort de terrain le plus complet mené à ce jour au sein des Exploratoires One Health.
Les zoonoses – maladies et infections pouvant se transmettre entre les animaux et les humains – constituent un défi sanitaire mondial croissant. Afin de mieux comprendre comment les agents pathogènes et la résistance aux antimicrobiens circulent à l’interface entre l’homme, l’animal et l’environnement, le HIOH et ses partenaires ont mis en place une étude de cohorte unique à long terme dans l’une des régions les plus riches en biodiversité au monde.
Entre février et mai 2026, plus de 120 membres du personnel originaires de sept pays – dont une centaine de Côte d’Ivoire – ont travaillé dans neuf villages situés aux abords du parc national de Taï. Dans des centres d’examen temporaires installés dans les villages, plus de 1 000 personnes, âgées de quelques jours à 88 ans, ont participé à cette étude de cohorte. Grâce à des examens médicaux et à des questionnaires structurés, les participants ont fourni des données de santé ainsi que des échantillons biologiques.
Au total, les équipes ont prélevé environ 7 500 échantillons auprès de participants humains, 3 800 échantillons issus de 18 espèces d’animaux domestiques différentes, ainsi que 3 100 échantillons supplémentaires provenant de la faune périurbaine et de l’environnement. L’échantillonnage des animaux domestiques comprenait des animaux couramment élevés par les ménages, tels que des poulets, des chèvres et des porcs, parmi beaucoup d’autres. Des petits mammifères – souris, rats et diverses espèces de chauves-souris – ont également été prélevés, tout comme l’eau et le sol. Des relevés de la biodiversité, des mesures de la pollution lumineuse et deux stations météorologiques automatisées ont fourni des données environnementales supplémentaires sur la région.
Cette campagne s’est appuyée sur la présence de longue date du HIOH à Taï et sur des années de préparation conjointe entre le HIOH, le Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Bouaké, le Centre Suisse de Recherches Scientifiques (CSRS), le Centre Helmholtz pour la recherche sur les infections (Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung, HZI) et l'Institut Friedrich Loeffler (Friedrich-Loeffler-Institut, FLI). Grâce à des ateliers collaboratifs, à des séjours prolongés sur le terrain et à des échanges transdisciplinaires étroits, les partenaires ont élaboré conjointement le protocole d’étude et posé les bases de la campagne de terrain de 2026.
L’une des caractéristiques déterminantes de cette initiative a été son étroite collaboration avec les communautés locales. Pendant plus de quatre mois, les équipes de recherche ont travaillé sans relâche avec les habitants, les autorités locales et les représentants communautaires. Cet engagement soutenu a permis d’instaurer un climat de confiance, de nouer des relations durables et de jeter des bases solides pour de futures recherches dans la région.
La réussite de la phase de terrain marque une étape importante pour les Exploratoires One Health. Les échantillons et les données recueillis grâce à cette initiative unique contribueront à améliorer notre compréhension de l’émergence des maladies zoonotiques et de la résistance aux antimicrobiens, tout en renforçant la collaboration internationale en matière de recherche et de préparation face aux futures menaces sanitaires.
Les équipes à l’origine de la cohorte
Le succès de la campagne de cohorte One Health repose sur une étroite collaboration entre plusieurs équipes interdisciplinaires:
L’équipe chargée des questionnaires: composée de membres de la communauté et des sociologues, cette équipe a mené des enquêtes auprès des ménages et des individus, attribué des identifiants aux participants et planifié les rendez-vous pour les examens médicaux ultérieurs
L’équipe d'examen médical: composée de personnel médical ivoirien et allemand, cette équipe a géré les centres d’examen et enregistré les paramètres physiologiques des participants
Les équipes vétérinaires: trois équipes ont prélevé des échantillons sur le bétail, la volaille et les animaux de Compagnie
L’équipe chargée des petits mammifères et de l’environnement: cette équipe pluridisciplinaire s’est concentrée sur le prélèvement d’échantillons de petits mammifères sauvages, d’eau, de sol et d’ADN environnemental
L’équipe de laboratoire: cette équipe a traité et stocké des milliers d’échantillons dans le laboratoire de Terrain
L’équipe de gestion des données: cette équipe a apporté son soutien à toutes les étapes de l’étude, de la collecte des données et des échantillons au stockage sécurisé et au contrôle qualité
L’équipe de coordination sur le terrain: composée d’experts One Health du CHU de Bouaké, du CSRS et du HIOH, cette équipe a coordonné les activités entre toutes les équipes et tous les sites d’étude
Archives du blog de la cohorte « One Health » janvier-mai 2026
Les articles de blog ci-dessous offrent un aperçu des coulisses de la campagne de la cohorte, en retraçant ses étapes clés, les défis et les réussites, de la préparation à la conclusion.
Aujourd’hui marque le dernier jour de la cohorte One Health 2026. Après deux années de préparation et quatre mois intensifs de travail sur le terrain, cette aventure exceptionnelle touche à sa fin. Elle a parfois été exigeante, mais aussi une expérience inoubliable et un formidable travail d’équipe.
Le soir, l’équipe s’est réunie pour une cérémonie de clôture, au cours de laquelle des certificats de participation ont été remis aux membres des équipes locales, et l’ensemble du groupe a célébré la réussite de l’étude.
Nous tenons à remercier sincèrement tous les participants, membres des communautés et partenaires impliqués dans l’étude – et en particulier nos équipes interdisciplinaires : l’équipe médicale d’examen, l’équipe des questionnaires, les équipes vétérinaires, l’équipe de laboratoire, l’équipe de gestion des données et l’équipe de coordination de terrain. Ce travail n’aurait pas été possible sans leur engagement et leur soutien.
Mission accomplie ! Les derniers échantillons des participants ont désormais été aliquotés – répartis en plusieurs petites portions – dans le laboratoire de terrain à Taï. Au total, cela correspond au traitement de 7 500 échantillons provenant de plus de 1 000 volontaires humains. Afin de préserver ce précieux matériel pour de futures analyses, les échantillons ont été immédiatement congelés dans l’azote liquide, avant que des duplicats soient transférés vers un stockage à long terme à −80 °C, à la fois au laboratoire de diagnostic moléculaire du CHU de Bouaké et au laboratoire de l’HIOH en Allemagne.
Un moment particulier lors du dernier jour de la cohorte 2026 : plus de 1 000 personnes ont désormais contribué à l’étude en participant aux examens et aux questionnaires. Un grand merci à toutes celles et ceux qui ont rendu cette étape importante possible.
L’échantillonnage environnemental comprend également la mesure de la pollution lumineuse, enregistrée la nuit dans les villages participants. Afin de collecter des données météorologiques à long terme telles que la température, les précipitations, la pression atmosphérique et l’humidité relative, deux stations météorologiques ont été installées : l’une sur le campus de l’Autorité du parc national et l’autre en pleine forêt tropicale, dans un camp de terrain de notre partenaire de collaboration, le projet de chimpanzés de Taï. Cela permet de collecter des données environnementales clés en complément des données de santé humaine et animale.
Nouveau record : 47 participants ont pris part aujourd’hui à des examens et des questionnaires dans notre centre d’examen à Ponan, le tout en une seule journée ! Heureusement que toutes les équipes sont désormais suffisamment expérimentées pour gérer une telle charge de travail, aussi bien dans le village qu’au laboratoire.
Dans les neuf villages étudiés – cette fois-ci à Ponan, le dernier village de la cohorte –, des chauves-souris sont capturées et examinées. Tous les animaux sont ensuite examinés dans notre laboratoire de terrain à Tai, où des frottis et des prélèvements sanguins sont effectués. Il arrive parfois que des parasites soient détectés sur les animaux ; ceux-ci sont alors retirés et également analysés. Toutes les chauves-souris sont ensuite relâchées dans la nature.
Le centre d'examen de Taï, notre « village d'origine ». C'est là que sont effectués divers examens, que des prélèvements biologiques sont réalisés et que des questionnaires sont remplis, le tout avec une équipe sympathique composée de collaborateurs du HIOH et de partenaires locaux sur place. Des informations sur la cohorte sont disponibles partout.
Cette fois-ci, l'équipe vétérinaire est intervenue à Daobly, l'avant-dernier village de la cohorte. De nombreux animaux d'élevage et de compagnie ont été soumis à des prélèvements.
Le laboratoire reçoit plusieurs fois par jour des nouveaux échantillons provenant des différentes équipes. C'est là que les échantillons destinés aux biobanques de Bouaké et Greifswald sont divisés en aliquotes. De plus, quelques analyses sont effectuées sur place et les résultats sont communiqués directement aux participants: la numération globulaire, l'analyse d'urine et trois paramètres de chimie clinique (la créatinine pour la fonction rénale ainsi que la gamma-GT et la GPT pour la fonction hépatique). À ce jour, plus de 700 échantillons d'urine ont été analysés au laboratoire.
Prélèvements autour de Taï : des échantillons de sol ont été prélevés tant sur les rives du Cavally que dans le village même. Le fleuve marque la frontière entre la Côte d'Ivoire et le Libéria. C'est actuellement la saison des pluies et les orages sont fréquents.
Le prélèvement d’échantillons sur le bétail et les animaux domestiques se poursuit à Keibly, où l’on observe généralement des troupeaux bovins plus importants que dans les autres villages participant au programme.
Keibly est le plus grand village participant à l’étude et, en même temps, le plus éloigné du laboratoire de terrain. Malgré les difficultés logistiques rencontrées par l’équipe, le travail y a démarré dans la bonne humeur. Au centre d’examen temporaire, des prélèvements d’échantillons sont effectués, ainsi que des examens de la vue, des mesures de la tension artérielle, des spirométries, des oxymétries de pouls, des mesures du poids et de la taille, ainsi que des questionnaires. À Keibly, les examens sont réalisés auprès de 415 participants sur une population totale de 10 014 habitants.
Avec l'arrivée progressive de la saison des pluies, qui s'accompagne de nouveaux défis, les coupures de courant sont de plus en plus fréquentes. Le laboratoire est donc raccordé à un générateur, ce qui permet de faire fonctionner tous les appareils en cas de panne du réseau électrique public.
Notre coordinateur Filipe, en compagnie d'une partie du personnel du centre d'examen temporaire de Zaipobly. Ici aussi, des analyses environnementales supplémentaires ont été effectuées, et des échantillons ont été prélevés sur des rongeurs, des chauves-souris, ainsi que sur des animaux domestiques et d'élevage – la deuxième photo montre Filipe en train de prélever un échantillon sur une tortue. Zaipobly, 5e village – mission accomplie!
Dans le cadre de la surveillance environnementale, Jasmin prélève des échantillons d'eau à Gouléako, tandis qu'Olivier et René, le coordinateur, capturent des mouches et que Jesselyn prélève des échantillons de sol.
Piégeage des chauves-souris : Léonce et Ayé, accompagnés des responsables Pâcome et D’Avila de l’équipe « Petits mammifères et environnement », préparent et installent un filet japonais à Gouléako, troisième village participant à l’étude. Des échantillons de chauves-souris et de rongeurs sont prélevés trois nuits par semaine pendant toute la durée de l’étude.
Les trois équipes vétérinaires se rendent chez les habitants de Paulé-Oula pour prélever des échantillons sur les animaux domestiques.
Impressions de l'équipe du laboratoire: préparation des échantillons prélevés auprès de la première vague de participants. Ces échantillons feront ensuite l'objet de tests de dépistage de divers agents pathogènes au CHU de Bouaké et à l'HIOH.
L'équipe « Petits mammifères et environnement » a commencé ses travaux à Paulé-Oula. Elle procède au piégeage de rongeurs et de chauves-souris dans les foyers, effectue des prélèvements sur les surfaces aux points de contact entre les humains et les animaux à l'intérieur des habitations, capture des mouches pour surveiller la biodiversité et prélève des échantillons d'eau afin de détecter une éventuelle résistance aux antibiotiques.
Le grand jour ! Trois voitures sont chargées de tout le matériel nécessaire au centre d’examen ainsi qu’aux équipes vétérinaires et environnementales. C’est parti ! Voici quelques impressions sur place.
Aujourd’hui, nous nous sommes rendus à Paulé-Oula pour organiser le lancement de l’étude de cohorte. Il s’agit du premier village où nous mettrons en place l’ensemble du programme, comprenant :
un centre d’examen (module humain)
des examens vétérinaires mobiles (module animaux de compagnie)
des prélèvements sur les petits mammifères
des prélèvements environnementaux
Une formation a été dispensée tant au personnel médical travaillant dans les centres d'examen qu'aux équipes vétérinaires, y compris à tous les membres de ces équipes (infirmiers, vétérinaires, assistants et recenseurs).
Vous pouvez voir ici le nouveau laboratoire de terrain de Taï, mis en place en partenariat avec la Direction départementale de la santé.
Notre système électrique pour le laboratoire HIOH est désormais prêt à prendre en charge tous les appareils destinés à l'analyse d'échantillons humains, animaux et environnementaux.
Les enquêteurs (équipe chargée des questionnaires) se sont rendus dans les foyers pour mener les enquêtes et recruter des participants.
Nettoyage des pièges à rongeurs — ça fait aussi partie du travail. Grâce aux pièges vivants, nous pouvons capturer les animaux en toute sécurité, prélever des échantillons de manière peu invasive, puis les relâcher.
Le laboratoire de terrain est prêt à démarrer ! Avant le traitement des premiers échantillons, tout est rangé et préparé. Pour rendre cela possible, le HIOH a auparavant rénové les locaux en collaboration avec l’hôpital local et y a installé son propre laboratoire.
Des membres des communautés, des autorités locales et l’équipe de la cohorte HIOH se sont réunis aujourd’hui à Taï pour un atelier avec les parties prenantes sur les interactions homme-faune, axé sur l’importance d’un engagement continu pour prévenir les zoonoses – la presse ivoirienne a déjà couvert l’événement.
Chargement des derniers matériaux pour l’étude de cohorte, prêts à être transportés à Taï. Certains équipements et consommables ont été achetés localement, d’autres proviennent de notre stockage permanent à Abidjan ou ont été livrés depuis l’Allemagne — un processus de plusieurs mois de préparation minutieuse.
Une étape majeure : le recrutement des participants a commencé aujourd’hui ! Nos équipes visitent désormais les foyers préalablement sélectionnés dans neuf villages autour du parc national de Taï. Dans chaque foyer, trois à quatre habitants sont invités à rejoindre la cohorte, soit 1 500 volontaires au total. Chaque visite est accompagnée de formulaires de consentement, de questionnaires et d’une documentation rigoureuse. Beaucoup de paperasse – mais une base essentielle pour une recherche de qualité.
En raison de retards liés aux conditions météorologiques à l’aéroport de Berlin, notre vol a été reporté à demain. Mais le moral reste au beau fixe et nous sommes prêts à partir !
Des membres des communautés de différents villages – formés comme enquêteurs et points focaux – mèneront des entretiens avec les participants de la cohorte, aux côtés des scientifiques sociaux. Aujourd’hui, ils ont terminé leur formation, prêts pour le début du recrutement la semaine prochaine.
Tout est prêt pour le recrutement des participant·e·s : formulaires de consentement, tubes d’échantillons et tablettes pour les questionnaires, ainsi que les batteries externes entièrement chargées. Au total, 1 500 volontaires issus de neuf villages participeront à l’étude. À partir de demain, nos équipes visiteront les ménages sélectionnés selon une approche de type « random walk » pour recruter trois à quatre personnes par foyer.
Notre affiche d’information sur l’étude de cohorte est déjà visible partout où nous nous rendons. Ici, par exemple, à l’Hôpital Général de Taï (à gauche) et au bureau régional du Ministère des Ressources Animales et Halieutiques à Guiglo (MIRAH, à droite).
Nos propres portoirs à tubes imprimés en 3D pour les besoins spécifiques de la cohorte sont prêts ! Le stockage des échantillons dans des tubes de biobanque étiquetés par code QR facilitera grandement le tri et les analyses futures.
