Sébastien Calvignac-Spencer ist Mitautor von 100 Veröffentlichungen in internationalen, renommierten Zeitschriften wie Nature, Science, Nature Communications und PNAS. Seine Forschung hat in der breiten Öffentlichkeit großes Interesse geweckt, unter anderem durch regelmäßige Berichterstattung wie in der New York Times, The Washington Post und ARTE. Aufgrund seines Fachwissens auf dem Gebiet der evolutionären Genomik von Krankheitserregern war Sébastien Calvignac-Spencer maßgeblich am Aufbau der genomischen Überwachung von SARS-CoV-2 am Robert Koch-Institut (RKI) und in Deutschland beteiligt (er war Ko-Vorsitzender der RKI-Arbeitsgruppe zur Evolution von SARS-CoV-2). Zudem leitete die erste Implementierung der genomischen Überwachung von SARS-CoV-2 in Burkina Faso, der Zentralafrikanischen Republik und der Elfenbeinküste.
Nach einer Assistenzprofessur an der Universität Lyon bis 2010 wurde Sébastien Calvignac-Spencer stellvertretender Leiter der Projektgruppe „Epidemiologie hochpathogener Mikroorganismen“ am Robert Koch-Institut in Berlin. 2015 wurde er zusätzlich Leiter der Arbeitsgruppe „Viral evolution“ und seit 2021 Leiter der Projektgruppe „Epidemiologie hochpathogener Mikroorganismen“ am RKI. Das Helmholtz-Institut für One Health freut sich, Sébastien Calvignac-Spencer seit Mai 2023 als Leiter der Abteilung „Evolution von Krankheitserregern“ zu haben. Zugleich erhielt er seine Professur an der Universität Greifswald.
