Je m’appelle Vinícius Klain, je suis chercheur postdoctoral au Centre de biotechnologie de l’Université fédérale du Rio Grande do Sul (UFRGS) au Brésil. Mes recherches s’inscrivent dans le cadre d’un vaste projet de coopération nationale appelé ResGen (ufrgs.br/resgen). Ce projet vise à relever le défi croissant de la résistance aux antibiotiques (RAM) grâce à une surveillance génomique et métagénomique.

La RAM est un problème de santé mondiale, causé par l’usage excessif d’antibiotiques, l’absence de mesures publiques efficaces et la pollution de l’environnement. Bien que les gènes de résistance aux antibiotiques (ARGs) existent naturellement chez les micro-organismes, les activités humaines ont considérablement accéléré leur sélection et leur propagation. Dans le cadre de ResGen, notre projet combine le séquençage du génome de champignons et bactéries résistants avec des analyses métagénomiques de diverses sources, notamment des échantillons environnementaux, des isolats cliniques humains, des animaux d’élevage, des denrées alimentaires et des animaux sauvages.

Mes recherches portent sur les primates sauvages, en particulier les singes hurleurs bruns (Alouatta guariba). Ces primates vivent dans des paysages fragmentés et se trouvent souvent à proximité des zones habitées, des terres agricoles et des animaux domestiques. Grâce au séquençage à haut débit, à l’analyse spatiale avancée et à la modélisation statistique, mes travaux examinent l’impact de l’urbanisation, de la perte et de la fragmentation de l’habitat sur le résistome des populations de singes hurleurs (Alouatta guariba).

Au cours de mon séjour à l’Institut Helmholtz pour la santé unique (One Health), j’utiliserai une approche de capture par hybridation afin d’enrichir les bibliothèques métagénomiques et d’améliorer la détection des ARGs. J’analyserai également des échantillons provenant d’une rivière recevant des eaux usées hospitalières et domestiques non traitées, afin d’étudier comment des installations sanitaires insuffisantes favorisent la propagation des ARGs chez la faune et dans les écosystèmes. Mes recherches examineront si les eaux usées hospitalières, l’urbanisation et la perturbation des habitats influencent la diversité et l’origine des gènes de résistance chez les primates sauvages, et si ces ARGs sont phylogénétiquement liés à ceux présents dans les rivières contaminées, ce qui permettrait de révéler des voies potentielles de transmission.

Les compétences acquises ici seront rapportées au Brésil, où je souhaite partager ces méthodes avec des étudiants et des collègues afin de renforcer les capacités locales de recherche dans le domaine de la résistance aux antibiotiques. En intégrant les outils moléculaires, l’écologie spatiale et le concept One Health, je souhaite contribuer, par mes travaux, aux efforts régionaux et mondiaux visant à freiner la propagation des gènes de résistance entre les humains, les animaux et l’environnement.