Franziska Stoek a fait des études de médecine vétérinaire à l'université LMU de Munich et est spécialisée dans le diagnostic et la recherche sur les zoonoses hautement pathogènes. Dans le cadre de sa thèse à l'Institut Friedrich-Loeffler (FLI) sur l'île de Riems, elle a étudié le maintien de la circulation du virus de la fièvre de la vallée du Rift pendant les phases interépidémiques. Elle s'est principalement intéressée aux moustiques en tant que vecteurs et aux rongeurs en tant que réservoirs potentiels. Ce travail lui a permis d'acquérir une grande expérience dans les laboratoires et l'élevage d'animaux BSL3. Au cours de son doctorat au FLI, puis en tant que post-doctorante, elle a été responsable de la coordination et de la mise en œuvre de divers projets au Cameroun, en Mauritanie et en Ouganda, au cours desquels elle a organisé de nombreux ateliers sur les méthodes biomoléculaires ainsi que sur la biosécurité et la biosûreté.

Depuis novembre 2023, elle fait partie de l'équipe OHS et soutient le travail en Afrique de l'Ouest et centrale, notamment dans le laboratoire partenaire de Bouaké, en Côte d'Ivoire. L'amélioration de la prévention des pandémies en Allemagne et dans les pays partenaires est une motivation importante pour son travail. Elle considère l'environnement de travail interdisciplinaire et interculturel comme une excellente opportunité d'apprendre les uns des autres, ce qu'elle trouve particulièrement motivant.