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Épidémies de mpox en République centrafricaine

La surveillance génomique révèle que les transmissions de l'animal à l'homme sont le principal facteur

Le mpox continue de représenter une menace sanitaire croissante dans divers pays africains, tels que la République démocratique du Congo, où de fréquentes transmissions zoonotiques se produisent à travers le pays et conduisent parfois à des épidémies majeures associées à l'émergence de lignées virales dont la propagation est favorisée par la transmission interhumaine. D'août 2024 à septembre 2025, l'Organisation mondiale de la santé a déclaré le mpox urgence de santé publique, soulignant la nécessité urgente de comprendre sa propagation dans la région. Les facteurs à l'origine des récentes épidémies de mpox en République centrafricaine, où la maladie est endémique, étaient jusqu'à présent mal connus.

Une nouvelle étude d'épidémiologie génomique menée conjointement par le professeur Fabian Leendertz, directeur de l’Institut Helmholtz pour One Health (HIOH) – un site du Helmholtz Centre for Infection Research (HZI, le centre de recherche sur les infections), le professeur Yap Boum II et le professeur Emmanuel Nakoune de l'Institut Pasteur de Bangui (IPB), ainsi que le professeur Sébastien Calvignac-Spencer (HIOH), met en lumière les facteurs à l'origine des récentes épidémies de mpox (anciennement connu sous le nom de variole du singe) en République centrafricaine, l'un des pays les plus touchés par les virus de la variole du singe de clade I ces dernières années. Le Dr Christian Noël Malaka de l'IPB et le Dr Livia Victoria Patrono du HIOH, premiers auteurs de cette étude, ont travaillé côte à côte pour mettre en place une surveillance génomique de la variole du singe à l'IPB de Bangui. L'étude a été publiée dans la revue spécialisée The Lancet Microbe.

L'équipe a analysé 46 échantillons cliniques prélevés entre 2022 et 2024 sur des cas de variole du singe détectés dans huit préfectures de la République centrafricaine. À l'aide d'une technique d'hybridation couplée à un séquençage à haut débit, ils ont assemblé 41 génomes viraux presque complets provenant de différentes régions du pays, y compris de la capitale Bangui.

Leurs conclusions révèlent une tendance frappante : la plupart des épidémies ont été causées par des contaminations indépendantes de souches virales distinctes provenant de réservoirs animaux inconnus vers les humains, en particulier dans les régions rurales. Ces épidémies semblent être de courte durée et leur propagation d'une personne à l'autre est limitée.

Dans la capitale Bangui, cependant, la situation pourrait être plus complexe. En une seule journée en juillet 2024, trois virus génétiquement distincts ont été détectés, ce qui suggère de multiples introductions dans la ville, peut-être liées aux déplacements de personnes ou au commerce de viande de brousse provenant d'autres régions.

Ornella Sibiro, Ella Farra et Sandra Garba-Ouangolé préparent des échantillons pour un séquençage à haut débit dans les laboratoires de la plateforme de surveillance génomique de l'Institut Pasteur de Bangui, en République centrafricaine. ©IPB et HIOH

« Si les données recueillies jusqu'à présent suggèrent que la transmission interhumaine reste limitée, la fréquence élevée des cas de contamination est préoccupante », explique le Dr Livia Victoria Patrono, chercheuse au département « Écologie et émergence des zoonoses » du HIOH. « Cela souligne la nécessité urgente d'identifier les sources animales du virus et les comportements associés à l'exposition, et de mettre en place des mesures visant à réduire les risques de transmission interespèces au niveau local. Parallèlement, des données récentes provenant de la RDC voisine montrent que si le virus pénètre dans un réseau conducteur, il peut se propager efficacement parmi les humains, ce qui souligne la nécessité de mettre en place des systèmes de surveillance rigoureux. »

Cette recherche fournit des informations importantes sur les facteurs actuels à l'origine des épidémies de variole du singe dans le pays, soulignant la nécessité d'améliorer la surveillance, de comprendre les mécanismes à l'origine de l'émergence du virus dans les zones rurales et urbaines, et de renforcer la collaboration régionale. L'équipe de recherche de l'IPB continuera à utiliser la stratégie de surveillance désormais établie pour le suivi régulier à long terme du mpox, en étroite collaboration avec les autorités nationales et le partenaire local principal du HIOH, le Fonds mondial pour la nature (WWF) en République centrafricaine.

Cette étude a été soutenue par l'Institut Pasteur de Bangui, Africa CDC, AFROSCREEN, l'OMS, l’Institut Helmholtz pour One Health, et la Deutsche Forschungsgemeinschaft.

Publication originale

Christian Noël Malaka, Livia Victoria Patrono, Thais Berenger Tombolomako, Ella Farra, Ornella Sibiro, Sandra Garba-Ouangolé, Benjamin Selekon, Cyprien Gildas Lemon, Festus Mbrenga, Aboubacar Soumah, Jenny Lorke, Ariane Düx, Julien Honorat Semdouto, Frédéric Stéphane Singa Niatou, Jephté Kaleb Kandou, Mbaïlao Raphaël, Jean Méthode Moyen, Ernest Kalthan, Edith Sako, Aubin Ngbeadego-Soukoudoupou, Odilon Auguste Kpahina, Philippe Lemey, Áine O’Toole, Andrew Rambaut, Pierre Somse, Sébastien Calvignac-Spencer, Emmanuel Nakoune, Fabian Hubertus Leendertz, Yap Boum. Genomic epidemiology of clade Ia monkeypox viruses circulating in the Central African Republic in 2022–24: a retrospective cross-sectional study. The Lancet Microbe (2025). DOI: 10.1016/j.lanmic.2025.101173.

Magdalena Wɫodarz

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Magdalena Wɫodarz